옥석구분의 출전은 삼경 중 하나인 서경(書經)으로 다음과 같은 구절이 있음.

火炎崑岡, 玉石俱焚 (화염곤강, 옥석구분)

글자를 풀이하자면, 처음부터 불 화, 불탈 염, 곤륜산 곤, 언덕 강, 옥 옥, 돌 석, 함께 구, 불사를 분. 이렇게 되는데... '화염'은 '불이 나서 활활 불꽃이 타오르는 것'이고, '곤강'은 곤륜산(崑崙山)으로 좋은 옥이 많이 난다는 중국의 산 이름임. '구분'은 함께 타버린다는 뜻.

즉 곤륜산에 불이 크게 나면 옥과 돌이 함께 타버린다는 것으로, 좋은 것과 나쁜 것이 함께 불에 타 없어져버린다는 뜻으로 쓰임.

아랫글의 덧글에서 블루문님 덕분에 잘 정리된 바에 따르면, 흔히 옥석구분을 좋은 것과 나쁜 것을 구별한다는 뜻으로 쓰는데 그렇다면 고사성어인 옥석구분과는 정반대의 뜻이 되어버리므로 올바르지 않은 쓰임이며, '옥석 구분'과 같이 띄어서 쓰거나 '옥석을 구분하다'와 같이 조사를 생략하지 않고 쓰는 것이 바른 방식임.

그보다는 우리말을 사용하여 '옥석 가리기', '옥석 나누기'로 써서 좋은 것과 나쁜 것을 구별한다는 뜻으로 사용하는 것도 바람직하다고 생각함.

보너스...

옥(玉)과 석(石)이 들어간 사자성어로 옥석동궤(玉石同櫃)라는 것이 있음.

옥과 돌이 같은 궤짝에 들어있다는 뜻으로, 좋은 것과 나쁜 것이 구별되지 않고 한자리에 섞여 있음을 나타낼 때 써먹을 수 있음.